Қазақстан Республикасының Мұнай және газ деректерінің Ұлттық банкін ұйымдастыру идеясы 1997 жылы пайда болған болатын. Сол кезде ҚР Энергетика және минералдық ресурстар Министрлігі (ЭМРМ) серверлік қондырғы және қажетті технологиялар сатып алды.

ЭМРМ 2002 жылдың соңында Халлибуртон Интернешнл Инк. Компаниясымен Қазақстан Республикасының Мұнай және газ деректерінің Ұлттық банкін құру бойынша бірлескен іс-қимыл туралы келісім жасады. Халлибуртон компаниясы оның  бөлімшесі Лэндмарк Графикс Корпорейшн (Landmark Graphics Corporation) компаниясы әлемде кеңінен қолданылатын Petrobank® технологиясын жасап шығарушы болып табылғандықтан әріптес ретінде таңдап алынды. Petrobank® шешімдерінің негізінде осындай деректер банктері  Норвегияда, Бразилияда, Пәкістанда, Қытайда, Ұлыбританияда құрылған.

Ұлттық деректер банкін (ҰДБ) құруға Қазақстан Республикасының тарабынан жауапты болып ҚР ЭМРМ Геология және жер қойнауын пайдалану Комитеті және  «ҚазМұнайГаз» ҰК» АҚ белгіленді.

Жүргізілген жұмыстардың нәтижесінде 2003 жылы KIOGE-2003 өнеркәсіптік көрмесінің аясында тоғыз компания ҚР  ҰДБ-ға  7 жыл мерзімге кіру туралы келісім-шартқа қол қойды. Ол компаниялар қол қойған келісім-шарттарға сәйкес  өздерінің геологиялық барлау деректерін құрылып жатқан Ұлттық деректер банкіне беруге міндеттенді.

Әділет Министрлігі 2004 жылдың 19 қазанында Жарғысында негізгі қызметі ретінде  Қазақстан Республикасының Мұнай және газ деректерінің Ұлттық банкін басқару, сондай-ақ геологиялық және геофизикалық ақпаратты басқарумен байланысты басқа да қызметтер көрсету белгіленген «Петродата Қазақстан» Акционерлік қоғамын тіркеді.

«Петродата Қазақстан» АҚ 2005 жылдың 20 қаңтарында  ҚР ЭМРМ Геология және жер қойнауын пайдалану Комитетімен  «Петродата Қазақстан» АҚ-ға  ҚР ҰДБ Операторы деген мәртебе берілген Операциялық келісімге қол қойды. Ол келісім бойынша «Петродата Қазақстан» АҚ  өзіне ҚР ҰДБ толық, жұмысқа қабілетті инфрақұрылымын қамтамасыз ету, оның ішінде толық аппараттық шешім, бағдарламалық шешімді орнату, сондай-ақ ҚР ҰДБ жұмыс үшін барлық қажетті рәсімдерді дайындау бойынша міндеттемелер алды.

«Петродата Қазақстан» АҚ  2005 жылың 26 қыркүйегінде  «ҚазМұнайГаз» ҰК» АҚ-ның Астана қаласындағы ғимаратында ҚР ҰДБ Операциялық орталығын салтанатты түрде ашты. Осы күн  ҰДБ-ның деректерді банке енгізу бойынша операциялық қызметінің басталған күні болып табылады.

ҚР ҰДБ толық құрылымын құру мақсатымен 2007 жылы Геология және жер қойнауын пайдалану Комитетінің ғимаратында Бақылау орталығын ашу жоспарланған.